Typ jeziora :     sielawowe
Powierzchnia :     2640 ha
Głębokość :     39,5 m
Długość :     10,8 km
Pow. wysp :     3,9 ha


Jest to jedno z największych jezior mazurskich. Ma ono rozległe ploso kształtem zbliżone do prostokąta, którego dłuższe boki skierowane są z północnego zachodu na południowy wschód. W środkowej partii wschodniego brzegu znajduje się zatoka. Na wysokości jej podstawy, w odległości około 500 m na zachód, leży wydłużona wyspa - Grajewska Kępa, porośnięta pojedynczymi kępami drzew i krzewów. Niegocin posiada szereg połączeń wodnych z innymi zbiornikami: w części północno-zachodniej znajduje się wejście do Kanału Niegocińskiego, który prowadzi do jeziora Tajty, przy krańcu północnym wylot Kanału Giżyckiego, ciągnącego się do Kisajna, od południowego zachodu Niegocin łączy się przewężeniem z jeziorem Bocznym, zaś od południowego wschodu - z Niałkiem Dużym. Jeziora Boczne, Niałk Duży i Mały bywają zaliczane do kompleksu Niegocina. Przy krańcu wschodniej zatoki znajduje się krótki rów-kanał łączący Niegocin z jeziorem Grajewkiem. Akwen otaczają łagodnie wzniesione lub płaskie brzegi, w części południowo-wschodniej odcinkami podmokłe. Rozciągają się na nich głównie pola uprawne i łąki. Większe obszary porośnięte lasem występują na brzegu zachodnim, pojedyncze kępy leśne można spotkać również od strony południowej. Przy północnym krańcu zbiornika leży Giżycko.